［文献解读］食管癌的异质性与进化

Tracking the genomic evolution of esophageal adenocarcinoma through neoadjuvant chemotherapy
Cancer Discov. Aug  2015

摘要
1.文章展示了食管腺癌（EAC）的进化频谱，表现为复杂的驱动突变、平行进化以及基因组加倍
" j  j5 K4 J9 D+ t& c3 ?5 B0 u2.阐明异质程度与新辅助治疗（NAC）疗效的相关性：异质性低的宿主，NAC疗效更好
3.多部位测序（M-seq）显示：CTT区域的T>G突变随着肿瘤进化显著减少；含铂的NAC会增加CpC区域的C>A突变
4.基因组不稳定性是EAC进化的早期事件，会导致化疗过程中产生可靶向的原癌基因扩增，为未来的治疗方案提供理论基础
9 E" `: _; r/ @1 `. v背景
) L; m, ?- R3 @& u3 |+ v  Z1.食管癌预后不良，过去20年EAC在西方国家的患病率显著上升
2 z2 y& B5 ~& V2 B2.手术前NAC治疗能够改善患者预后，但是50-60%的肿瘤对治疗耐药
3.对单个肿瘤多部位的M-seq数据进行进化分析，可以区分存在于所有部位的早期突变
* }* O$ B' W! X' T
Multi-tumor regions
方法

4 @& u; M3 b  e  g/ g' K% F结果——体细胞突变的瘤内异质性
" u; J+ O9 `- N" ?: I

以EAC005患者为例
对NAC前后的突变频谱进行进化分析（parsimony ratchet method），可将突变分为四类：
1.主干（蓝色，ubiquitous）突变：存在于肿瘤组织的所有部位
' S0 O! h* j9 T1 S6 L2.共享（橙色）突变：存在于1个以上的部位中
8 X' @/ h& C' J% k# p3.NAC前的独有（红色）突变：仅存在NAC前的1个部位
4.NAC后的独有（绿色）突变：仅存在NAC后的1个部位
( Z* O3 `5 F6 R4 w/ X后三类均属heterogenous突变
! B; G* v5 J) c/ P2 A$ Q/ |
/ g, b- h6 Q* G- |$ x4 Q: ?其余7例患者的进化分析
/ y8 T! [; T5 C) _9 I1 }6 O
, I- d( e* T- n异质程度与新辅助治疗（NAC）的疗效相关：化疗前异质性越低的宿主，NAC疗效越好。
, a" g9 y8 P! k/ u( |' u5 C( I
为了定量分析肿瘤细胞中的SNVs，作者整合了三个变量（拷贝数，VAF和肿瘤负荷）来计算Cancer Cell Fraction (CCF)，并且将SNV进行聚类。
; E8 S1 I5 x& u0 s
结果显示：
1.单一部位取材不能准确分析克隆频谱，因为一些热点突变仅存在于某个部位且显示出高CCF，如EAC001患者中的SLC39A12 pA44E突变
2.通过不同部位的共享突变位点个数，可以判断部位间的空间距离，如EAC001患者的R2离R1比R4更近
- Q% O- t% L9 M( L6 J: T
% p# E' _+ S6 S; N" q2 EM-seq结果还显示EAC样本中还存在大量的拷贝数变异
1.超过40%的变异来自于扩增（A），说明基因组扩增是肿瘤进化的早期事件
7 z( x( x, g+ Z6 F5 U2 T* i2.通过与TCGA中ESCA的数据进行比对，发现有15个片段在至少一个肿瘤中存在扩增。这些片段大多对应可作为靶点的原癌基因。
结果——突变频谱的时空解析

1 C* r" \; u/ Q( G4 sTrunk代表早期突变；Branch代表晚期突变
, ]2 m$ z" j. x! Z  l- M# m结果显示： T>G突变随着肿瘤进化显著减少

+ s: `' G6 F# U5 I% K接受含铂药物的NAC治疗会产生特异的分子标签， C>A突变增多
  E9 b. _" S: B. ^) Q! H
本文从时间（新辅助前后）和空间（多部位测序）两个维度对食管癌的分子进化图谱进行了阐述和解析。
讨论
1.EAC的单样本检测会低估肿瘤异质性和突变负荷。虽然M-seq检测到的总突变中位数远高于单个部位检出的突变，但仍然只检到肿瘤的局部
" @4 h$ o7 K6 F( B/ A# S2.基因组扩增和TP53、CDKN2A等抑癌基因的突变是EAC的驱动事件
3.原癌基因的扩增普遍存在且不受含铂药物的干扰，但有可能成为新药物靶点
+ g  ]" I+ f7 I4.NAC的纵向实验可能进一步解析瘤内异质性与细胞毒反应及复发的关系，用来预判治疗耐药以降低治疗的医源性影响
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