［文献解读］食管癌的异质性与进化

Tracking the genomic evolution of esophageal adenocarcinoma through neoadjuvant chemotherapy
0 f" o% P8 E, T# _: n# BCancer Discov. Aug  2015

' b' C( b" R. m6 }摘要
, d) y$ V, i' y* R3 I8 p5 G% z' P1.文章展示了食管腺癌（EAC）的进化频谱，表现为复杂的驱动突变、平行进化以及基因组加倍
9 w: ~: `% u. j% h& V6 X2.阐明异质程度与新辅助治疗（NAC）疗效的相关性：异质性低的宿主，NAC疗效更好
, G6 \2 p( z, j" v& Y% g9 |3.多部位测序（M-seq）显示：CTT区域的T>G突变随着肿瘤进化显著减少；含铂的NAC会增加CpC区域的C>A突变
1 C/ {  ~6 u" y  d' e* W! ], E2 ~4.基因组不稳定性是EAC进化的早期事件，会导致化疗过程中产生可靶向的原癌基因扩增，为未来的治疗方案提供理论基础
背景
; @& m9 g/ i' C1.食管癌预后不良，过去20年EAC在西方国家的患病率显著上升
2.手术前NAC治疗能够改善患者预后，但是50-60%的肿瘤对治疗耐药
" d6 k/ T9 O* S4 h7 X7 g3.对单个肿瘤多部位的M-seq数据进行进化分析，可以区分存在于所有部位的早期突变

, N" t0 ^3 {9 w, C1 \Multi-tumor regions
方法

! F5 E( A- X8 X& y& z结果——体细胞突变的瘤内异质性
% _3 v& f. k( U# A0 Q& e* V4 a

以EAC005患者为例
' r! K. y/ I* f8 H对NAC前后的突变频谱进行进化分析（parsimony ratchet method），可将突变分为四类：
% ^' z* K/ y  v" O1.主干（蓝色，ubiquitous）突变：存在于肿瘤组织的所有部位
2.共享（橙色）突变：存在于1个以上的部位中
3 X1 Y! c3 f7 x8 U; s3.NAC前的独有（红色）突变：仅存在NAC前的1个部位
4.NAC后的独有（绿色）突变：仅存在NAC后的1个部位
后三类均属heterogenous突变

其余7例患者的进化分析

异质程度与新辅助治疗（NAC）的疗效相关：化疗前异质性越低的宿主，NAC疗效越好。

为了定量分析肿瘤细胞中的SNVs，作者整合了三个变量（拷贝数，VAF和肿瘤负荷）来计算Cancer Cell Fraction (CCF)，并且将SNV进行聚类。

" m( r! V( m0 d8 n结果显示：
1.单一部位取材不能准确分析克隆频谱，因为一些热点突变仅存在于某个部位且显示出高CCF，如EAC001患者中的SLC39A12 pA44E突变
2.通过不同部位的共享突变位点个数，可以判断部位间的空间距离，如EAC001患者的R2离R1比R4更近
3 {3 l% i* R( N8 H$ ^: u4 s, _
5 g9 m; ]  j5 gM-seq结果还显示EAC样本中还存在大量的拷贝数变异
1.超过40%的变异来自于扩增（A），说明基因组扩增是肿瘤进化的早期事件
  w7 Z& Z. [- D$ O' E3 }2.通过与TCGA中ESCA的数据进行比对，发现有15个片段在至少一个肿瘤中存在扩增。这些片段大多对应可作为靶点的原癌基因。
结果——突变频谱的时空解析
' m7 O1 H( @# G3 b
Trunk代表早期突变；Branch代表晚期突变
结果显示： T>G突变随着肿瘤进化显著减少

, W) V! d7 W% q' d6 T. Q接受含铂药物的NAC治疗会产生特异的分子标签， C>A突变增多
5 l% E4 P$ e0 V, G( A% l
& V& a/ m4 e5 q5 `1 @: B* `本文从时间（新辅助前后）和空间（多部位测序）两个维度对食管癌的分子进化图谱进行了阐述和解析。
* ?7 D# E1 ?' D; s# a& n6 W讨论
1.EAC的单样本检测会低估肿瘤异质性和突变负荷。虽然M-seq检测到的总突变中位数远高于单个部位检出的突变，但仍然只检到肿瘤的局部
; ~) x* Z& `/ Y% v$ d! `2.基因组扩增和TP53、CDKN2A等抑癌基因的突变是EAC的驱动事件
! b. L' Y: E8 S) `! Z& M; G5 [) E3.原癌基因的扩增普遍存在且不受含铂药物的干扰，但有可能成为新药物靶点
4.NAC的纵向实验可能进一步解析瘤内异质性与细胞毒反应及复发的关系，用来预判治疗耐药以降低治疗的医源性影响
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